D'avril à juillet 1994, 800 000 personnes sont mortes au Rwanda, victimes d'un génocide perpétré par les Hutu contre les Tutsi (ethnie minoritaire) et les Hutu modérés. Les enfants ne sont pas épargnés par les massacres, et ceux qui ne sont pas morts ont été en majorité témoins oculaires de meurtres atroces. Les dégâts psychiques sont immenses.

En juillet 1994, trois mois après la création de l'association, une équipe se rend à Kigali au Rwanda. Parmi elle, Christiane Péchiné, Médecin chef du secteur de pédopsychiatrie à l'hôpital Saint-Jean-de-Dieu de Lyon ; « Les enfants sont passés si près de leur mort qu'ils vivent dans un chaos mental. Beaucoup ont enfoui cette expérience de l'extrême violence et n'en disent rien. Leur corps, leur esprit, souffre en silence. Ces images, ces brutalités les travaillent hors de la conscience. Cauchemars, peurs nocturnes, et même diurnes. Si l'on n'agit pas, ils retourneront contre eux ou les autres les fureurs de cette immense violence ».

Dans ce contexte, le travail auprès de l'enfance psychiquement et mentalement brisée s'impose à Triangle Génération Humanitaire. Le Comité français pour l'UNICEF lui accorde une subvention pour un projet de mise en place d'un centre psychosocial situé au nord du pays, près du lac Ruhango. TGH réhabilite les bâtiments, prêtés par la communauté religieuse des Foyers de Charité, dans la perspective de former les chefs communautaires, les enseignants, les parents, afin de les aider à mieux appréhender le traumatisme psychologique chez les enfants.

Toujours dans l'optique de venir en aide aux enfants traumatisés par le génocide, TGH installe deux «cantines sociales» à Kigali, capitale du pays. Les bâtiments, implantés dans les quartiers pauvres de Nyamirambo et Bilyogo, sont réhabilités et équipés par TGH. Une trentaine de rwandais sont salariés afin de faire fonctionner les cantines et d'offrir chaque jour à 400 enfants un repas, un suivi médical et psychosocial. Les cantines deviennent «un lieu où les enfants déposent leur souffrance mentale». Elles permettent également aux enfants qui le souhaitent de réintégrer le système scolaire. Un travail important est effectué pour le regroupement familial ou la prise en charge communautaire des enfants.

TGH doit cependant quitter le Rwanda de façon précipitée en décembre 1995 sur décision du gouvernement rwandais d'expulser plusieurs dizaines d'ONG.